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세기초, 유전자조작시설을 덮친 폭파테러에 의해 특수나 바이러스가 유출돼는 사건이 발생한다. 그 결과, 인간의 뇌구조가 돌연변이를
일으켜, "팬텀"이라 불리는 유령이나 요괴를 인식할 수 있게 된다, 그리고 일부 아이들 중에는 팬텀에 저항할 수 있는 특수한
능력을 가진 능력자가 나타났다. 호세아 학원에 다니는 이치죠 하루히코도 능력자 중 한 명으로, 마찬가지로 능력자인 카와카미 마이, 이즈미 레이나, 미나세 코이토와 함께 힘들지만 즐겁고 번뇌 넘치는 학교생활을 보내고 있었다. 하지만 어떤 사건을 계기로 그들은 세계의 진실을 알게 된다.
사투의 끝에서 하루히코는 팬텀 루파에게 패배한다. 그 결과 전세계 인구의
2/3가 괴멸하고 지상은 흉악한 팬텀이 만연하게 되었다. 남은 인간들은 지하도시 '게헤나'에 이주한다. 하루히코는 모든 책임이
자신에게 있다며 줄곧 자신을 책망하였으나 마이와 다른 동료들의 격려에 기운을 차린다. 하지만 그런 온화한 나날을 부숴버리듯이
팬텀의 침입경보가 울려 퍼진다. 하루히코는 전투에 휘말리고 하루히코의 동료들은 차례차례 상처를 입고 쓰려져간다. 이에 하루히코는
금단의 능력을 사용해 모든 팬텀을 소멸시키기로 결심한다.
호세아 학원의 자매결연 학교인 요벨 학교에 다니는 와타유미 이노리는 매일 밤 황폐한 거리에서 고레벨 팬텀과 싸우는 꿈을 꾼다.
해가 바뀌고, 이노리와 그녀의 친구 카와카미 메이는, 아가씨같은 스메라기 치아키와 반 친구가 된다. 세 명은 금세 친해져 우애를
다져간다. 어느 날 하늘에서 커다란 균열이 생기고 그 틈에서 고레벨 팬텀이 차례차례 나타나기 시작한다. 하지만 요벨 학교의 뇌기능
에러 대책실만으론 퇴치할 수 없게 되어 호세아 학교의 뇌기능 에러 대책실을 의지하게 되는데. 그런 도중에 아뢰야식사의 수장,
카시마 토우코가 나타난다.